Comentario

La organización de la Iglesia indiana fue emprendida igualmente por Fernando el Católico, antes de configurarse el Regio Patronato. En 1504, logró del Papa la creación de la arquidiócesis de Yaguata (transformada luego en la de Santo Domingo), con dos diócesis sufráganeas que eran Maguá y Baynúa. Posteriormente, se fundaron arquidiócesis y diócesis en los lugares de importancia política, aprovechando la ignorancia romana sobre los problemas americanos, que dejaba hacer al Rey de España. A fines del siglo XVI había ya cuatro arquidiócesis, las de Santo Domingo, México, Santa Fe de Bogotá y Lima, de las que dependían 26 obispados: de "Santo Domingo" los de Santiago de Cuba, San Juan y Coro; de "México" los de Guadalajara, Valladolid, Puebla, Antequera, Chiapa, Mérida, Verapaz, Comayagua, Guatemala y León; de "Santa Fe de Bogotá" los de Cartagena y Popayán, y de "Lima" los de Panamá, Quito, Trujillo, Cuzco, Arequipa, La Plata, Asunción, Santiago del Estero, Santiago de Chile y La imperial. Durante el siglo XVII se hicieron algunos reajustes, subiendo La Plata a la categoría de arquidiócesis y erigiéndose las diócesis de Durango (dependiente de México), Caracas (sustituyó a Coro y dependía de Santo Domingo), Santa Marta (dependió de Santa Fe de Bogotá), Huamanga (dependió de Lima), La Paz, Mizque, Córdoba y Buenos Aires, que entraron a depender de La Plata. Esta última arquidiócesis tenía, así, los obispados de La Paz, Mizque, Asunción, Córdoba y Buenos Aires.
Para el mejor funcionamiento de la Iglesia se hicieron concilios y sínodos. Los primeros (reunión de los obispos de una diócesis bajo la presidencia del Arzobispo), como los de México y Lima, debatieron algunos aspectos importantes de materias doctrinales, disciplinares o pastorales. Los segundos (reunión de un obispo con el clero de su diócesis), trataron de asuntos disciplinares o pastorales del obispado. La vigilancia del celo apostólico de los religiosos se hacía por medio de la visita del Obispo u Arzobispo, ordenada por Trento. Las diócesis erigieron numerosos seminarios en los que empezó a formarse pronto un clero criollo. El comportamiento irregular de algunos ministros de la Iglesia dio origen a acusaciones, formuladas por Gobernadores, Presidentes y Virreyes en uso del Regio Patronato. La vigilancia de este clero correspondía, en realidad, a la Inquisición y desde 1517 todos los obispos de Indias tenían poderes inquisitoriales. Dos años después, se nombraron comisarios del Santo Oficio para distintos territorios y finalmente, en 1569, se procedió a instaurar la Inquisición. El primer Tribunal funcionó en Lima en 1570, al que le siguió el de México en 1571. El tercer tribunal se erigió en Cartagena el año 1610. La Inquisición americana atendió principalmente casos de relajación del clero, algunos de brujería y de judaizantes, por lo que tuvo una vida lánguida ya que, en definitiva, vivía a costa de los bienes incautados a los herejes y había pocos de éstos en América y menos que tuvieran dinero. Los indios afortunadamente fueron paganos, no herejes, cayendo fuera de su jurisdicción.